[[伝説編]]

ジャギを撃破し、残る２人の兄が生きているということを知ったケンシロウは、兄たちを探して旅を続ける。

途中、自警団を救出したケンシロウは、次兄であるトキが奇跡の村の村人たちを木人形と呼び、日夜非道な実験を繰り返しているという情報を得る。
真相を確かめるため、奇跡の村に到着したケンシロウを待ち受けていたのは狂気にゆがみ、昔の面影を無くしてしまったトキの姿だった。
そこへレイが駆けつけ、目の前にいる男の正体がアミバであるということが判明する。
アミバにケンシロウの怒りが炸裂する！